Los hipopótamos pigmeos se encuentran en Liberia y Costa de Marfil, en África Occidental, y también existen algunas poblaciones pequeñas y aisladas en la vecina Sierra Leona y Guinea.

El hipopótamo pigmeo habita en áreas de densos bosques tropicales de tierras bajas y pantanos, donde pasa la mayor parte de su tiempo buscando comida y descansando en la tierra. A pesar de que las poblaciones de hipopótamos pigmeos nunca han sido demasiado numerosas, su número ha disminuido drásticamente en particular en los últimos años debido a la caza y la pérdida de hábitat. Los bosques tropicales naturales en los que habitan también albergan codiciadas maderas tropicales, por lo que estas áreas están sujetas a altos niveles de tala ilegal.