La principal diferencia entre blástula y blastocisto es que la blástula es una embriogénesis y el blastocisto es una estructura formada alrededor del día 5 del desarrollo embrionario de los mamíferos.

La blástula es una esfera hueca de células que rodea una cavidad interior llena de líquido llamada blastocele formado durante una etapa temprana del desarrollo embrionario de los animales.

El blastocisto es una estructura formada en el desarrollo temprano de los mamíferos. Posee una masa celular interna que posteriormente forma el embrión. La capa externa del blastocisto consiste en células llamadas colectivamente trofoblasto. Esta capa rodea la masa celular interna y una cavidad llena de líquido conocida como blastocele.

En los humanos, la formación de blastocistos comienza aproximadamente 5 días después de la fertilización cuando se abre una cavidad llena de líquido en la mórula, la etapa embrionaria temprana de una estructura de 16 células.

El uso de blastocistos en la fertilización in vitro implica cultivar un óvulo fertilizado durante cinco días antes de implantarlo en el útero. La masa celular interna de los blastocistos es la fuente de células madre embrionarias, que son ampliamente aplicables en las terapias con células madre, incluida la reparación, reemplazo y regeneración celular.