La mayor parte del territorio portugués pertenece hidrográficamente a las cuencas de los grandes ríos españoles Tajo (Tejo), Duero (Douro) y Guadiana, que provienen de la Meseta castellana. El Tejo es navegable prácticamente en todo su tramo portugués por embarcaciones de poco calado, y los principales afluentes que recibe son el Zêzere por la derecha y el Sorraia por la izquierda. El Douro recibe el Sabor, el Tua y el Tâmega por la derecha y el Coa por la izquierda. El Guadiana y el Minho son ríos fronterizos y señalan parte de los límites entre el Estado español y el portugués, aunque el Guadiana penetra en el interior del país y riega parte del Alentejo. Los ríos propiamente portugueses son pocos y cortos; el Mondego es el más importante, seguido del Vouga y el Sado.

El territorio portugués se inscribe en el clima mediterráneo por la latitud, pero la proximidad al Atlántico determina un aumento de lluvias en invierno y una atenuación de las temperaturas estivales, aunque la influencia oceánica es modificada por la presencia de las montañas.

Las tierras más altas reciben lluvias que superan los 2.000 mm anuales, y en las regiones que bordean la costa son de unos 1.000 mm, mientras que en el sur y en los lugares más abrigados sólo alcanzan los 500 mm anuales; una de estas regiones es el valle oriental del Douro, llamado terra quente, islote climático que se caracteriza por la temperatura suave de los inviernos, en oposición a las tierras frías que le rodean, y por los veranos suaves y secos.

Los veranos calurosos y los inviernos fríos con cierta tendencia a la continentalidad, propios de las tierras del interior, se oponen a los veranos relativamente frescos y los inviernos suaves de las regiones litorales. En el sur se encuentra un clima típicamente mediterráneo.