La UICN enumera al hurón de pies negros como en peligro de extinción. La especie ha sido dos veces considerada extinta.

El número de hurones de pies negros disminuyó considerablemente a lo largo del siglo XIX. Esto se debió tanto a enfermedades como a la disminución del número de perritos de las praderas (su principal fuente de alimento).

Dado que la actividad de los perritos de la pradera es perjudicial para los campos agrícolas, se implementaron programas para controlar a su población. Esto a su vez afectó enormemente a los hurones.

Las principales amenazas para la supervivencia del hurón son la pérdida de hábitat debido a que las praderas se convierten para usos agrícolas, a enfermedades y a la disminución de las poblaciones de perritos de las praderas.

Los hurones son particularmente susceptibles tanto a la peste selvática, una enfermedad no nativa transmitida por las pulgas, como al virus del moquillo canino.