El cocodrilo marino se encuentra en la India, el sudeste de Asia y Australia. Los países con poblaciones de cocodrilos incluyen India, Bangladesh, Sri Lanka, Birmania, la isla de Nueva Guinea y Australia.

Hay entre 100.000 y 200.000 cocodrilos de agua salada en Australia. La única otra especie de cocodrilo en Australia es el cocodrilo de agua dulce. En algunas zonas se encuentran ambas especies.

A pesar de su nombre, los cocodrilos marinos pueden vivir tanto en agua dulce como en agua salada. Se encuentran en ríos, pantanos y bosques de manglares en las zonas costeras.

Al ser una especie territorial, los cocodrilos más grandes alejarán a los machos más pequeños de las mejores áreas.