A pesar de que la caza comercial de dugongos ha sido prohibida, todavía están clasificados como vulnerables en la Lista Roja de la UICN debido a la pérdida de hábitat a través del desarrollo costero, así como a la contaminación del agua causada por actividades industriales.

Los dugongos también pueden ser víctimas de la captura accidental, enredándose en las redes de pesca.

El hábitat de los pastos marinos de buena calidad es vital para la reproducción de esta especie. Los dugongos tienen pocos depredadores naturales, pero los jóvenes pueden ser atacados por cocodrilos, orcas y tiburones. También son vulnerables a las enfermedades.

Hay varias organizaciones benéficas que ayudan a los dugongos y otras criaturas marinas.