Al sur de Savalou, especialmente en el oeste, el clima es típicamente ecuatorial, cálido y húmedo, con una larga estación seca de diciembre a marzo, en la que el viento alisio harmattan sopla en dirección noreste a suroeste. Las temperaturas oscilan entre los 22 y los 35 grados, con un promedio de 27 grados. Las grandes lluvias caen de marzo a julio. Hay una corta estación seca de julio a septiembre y una corta estación húmeda desde mediados de septiembre hasta mediados de noviembre.

En el suroeste, la precipitación promedio es considerablemente menor y la estación seca es más larga, en Grand-Popo, por ejemplo, la precipitación promedio es de aproximadamente 82 cm en comparación con los aproximadamente 127 cm de Porto-Novo y Cotonou.

El norte de Benín tiene una sola estación húmeda (de mayo a septiembre, con la mayoría de las lluvias en agosto) y una estación seca y calurosa en la que el harmattan sopla durante tres o cuatro meses. Las temperaturas varían desde un máximo de 40 grados en enero hasta un mínimo de 13 grados en junio.

Aunque la lluvia, que es más alta en el centro de Benín (135 cm), disminuye a medida que uno avanza hacia el norte sigue permaneciendo alta (97 cm) en la mayor parte del norte de Benín.

En la región suroeste, la precipitación promedio cae a 82 cm al año. El inusualmente bajo nivel de precipitación aquí se atribuye a la destrucción del bosque lluvioso nativo, que a su vez causó una disminución en la evaporación de la humedad en el aire, lo que resultó en menos lluvias.