Alrededor del 40% de la población es al menos nominalmente cristiana, de los cuales aproximadamente la mitad son católicos romanos y la mitad está afiliada a las denominaciones protestantes. Hay un 20% de musulmanes y aproximadamente el 40% practican religiones indígenas tradicionales. Muchas de las religiones indígenas se practican principalmente en áreas rurales.

La discriminación social de los musulmanes contra las religiones indígenas es bastante generalizada. En la región norte, la tensión entre los grupos Fulani y Kirdi se basa en parte en esas diferencias religiosas pasadas. Los Fulani han sido tradicionalmente musulmanes, mientras que los Kirdi han practicado tradicionalmente las religiones indígenas. Muchos de los Kirdi ahora son musulmanes, sin embargo, siguen teniendo desventajas económicas, sociales y educativas en esta región.

La libertad de conciencia y la libertad de religión están garantizadas por la Constitución y estos derechos generalmente se respetan en la práctica. Las relaciones entre el gobierno y los grupos religiosos se rigen por la Ley de Congregaciones Religiosas. Todos los grupos religiosos deben registrarse en el Ministerio de Administración Territorial y Descentralización, sin embargo, no hay sanciones específicas por no registrarse. La práctica de la brujería se considera un delito, sin embargo, el procesamiento generalmente se aplica solo en conjunción con otras acciones criminales, como el asesinato. Ciertas fiestas cristianas y musulmanas se celebran como festivos.