Los ricos suelos volcánicos en las islas fomentan el crecimiento de una vegetación profusa. Más allá de las zonas costeras, donde predominan los manglares, hay cocoteros, mangos y plátanos, y sobre ellos se encuentra una zona de bosque, con muchas variedades de maderas duras tropicales. Líquenes y brezos crecen en los picos más altos.

La vida animal es similar a la encontrada en Madagascar. Las aguas de las Comoras albergan el celacanto, un raro pez primitivo que se creía que se había extinguido. Se han encontrado restos fósiles del celacanto que datan de hace 400 millones de años.