Hay cuatro zonas climáticas principales. El área costera y el interior inmediato, donde las condiciones son tropicales, con temperaturas promedio de alrededor de 27 grados con precipitaciones que varían de 100 a 193 cm, y con alta humedad. La meseta central, que es caliente y seca, con precipitaciones de 50 a 76 cm, aunque con variaciones considerables de temperatura diarias y estacionales. Las áreas de tierras altas semitemperadas, donde el clima es templado y las regiones lacustres que son húmedas. Hay poca variación estacional en el área del lago Victoria, pero las secciones orientales tienen un promedio de solo 75 a 100 cm de lluvia, mientras que las partes occidentales reciben de 200 a 230 cm. Una pequeña área al norte del lago Niassa recibe 250 cm de lluvia. Hay dos estaciones lluviosas en el norte, de noviembre a diciembre y de marzo a mayo. En el sur hay una estación lluviosa de noviembre a marzo.

El clima en las islas es tropical, pero el calor es moderado por las brisas marinas que son constantes durante todo el año, excepto durante las estaciones lluviosas. Las estaciones están bien definidas. De diciembre a marzo, cuando sopla el monzón del noreste, hace calor y es comparativamente un clima seco. Las fuertes lluvias caen en abril y mayo, y las menores en noviembre y diciembre. El clima es más frío y seco de junio a octubre, durante el monzón del suroeste.