En la mitad sur de Uganda, la vegetación natural ha sido reemplazada en gran parte por parcelas cultivadas, en las que predomina el plátano. Sin embargo, hay parches dispersos de bosque espeso o de pasto de elefante y árboles de mvuli que proporcionan excelente madera.

Las tierras altas occidentales más frías contienen una mayor proporción de grandes pastos y bosques. En el extremo suroeste, sin embargo, el cultivo es intensivo incluso en las laderas de las montañas altas. En la región más seca del norte, aparecen pastos cortos y hay áreas de bosques abiertos. También crecen árboles de espinas y palmeras borassus.

El elefante, el hipopótamo, el búfalo y una gran variedad de monos son abundantes, mientras que también se ven leones, jirafas y rinocerontes. Al menos seis especies de mamíferos se encuentran solo en Uganda.

Las aves de Uganda incluyen la grulla coronada (el emblema nacional), bulbules, tejedores, cuervos, alcaudones, garzas, ibis, gallinas de Guinea, palomas, abejarucos, cigüeñas marabú y águilas pescadoras, entre otras otras muchas especies. A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 345 especies de mamíferos, 243 especies de aves y más de 4900 especies de plantas en todo el país.

Existen relativamente pocas variedades de peces, pero los lagos y ríos contienen abundantes reservas de tilapia, perca del Nilo, pez gato, pez pulmonado, pez elefante y otras especies. Los cocodrilos también se encuentran en muchas áreas y son particularmente evidentes a lo largo del Nilo entre las cataratas de Kabalega (Murchison) y el lago Alberto. Hay una gran variedad de serpientes, pero las variedades más peligrosas rara vez se observan.