Los pueblos indígenas, denominados etnológicamente como malayos o indonesios, también se encuentran en las islas vecinas de Filipinas, en la Malasia peninsular e incluso tan lejos como Taiwán y Madagascar. Los indonesios se caracterizan por su estatura pequeña, pigmentación de color marrón claro a marrón oscuro, cabello negro liso y espeso, formación amplia de la cabeza, nariz ancha y labios gruesos. Los habitantes del este de Indonesia tienen rasgos de raza negra, resultado del matrimonio con los papúes de Nueva Guinea.

La población se clasifica oficialmente en cuatro grupos étnicos principales: los melanesios, que constituyen la mayoría. Los proto-austronesios, incluidos los wajaks y los irianeses en Nueva Guinea Occidental. Los polinesios, incluidos los amboneses en las islas Maluku. Los micronesios se encuentran en los pequeños islotes de las fronteras orientales de Indonesia.