Japón se encuentra en el extremo noreste del cinturón climático del monzón asiático que trae mucha lluvia al país. El clima está bajo la doble influencia del sistema meteorológico de Siberia y los patrones del Pacífico sur. El norte de Japón está afectado por la Corriente Kuril (Oyashio), una corriente fría que fluye a lo largo de las costas orientales de Hokkaidō y el norte de Honshū. La unión de las dos corrientes es una zona de pesca abundante.

A lo largo del año, la humedad es bastante alta, con una precipitación promedio que varía entre 100 cm y más de 250 cm. El clima de otoño suele ser claro y brillante. Los inviernos tienden a ser más cálidos que en latitudes similares, excepto en el norte y el oeste, donde las nevadas son frecuentes. La primavera suele ser agradable, y el verano caluroso y húmedo. Hay una temporada de lluvias que se mueve de sur a norte durante junio y julio.

La temperatura promedio varía entre 17 grados en las partes sur y 9 grados en el extremo norte. Hokkaidō tiene inviernos largos y severos con nieve extensa, mientras que el resto del país disfruta de un clima más suave en las regiones del sur, que son casi subtropicales.

La temporada de tifones se extiende de mayo a octubre, y cada año varias tormentas suelen barrer las islas, a menudo acompañadas de fuertes vientos y lluvias.