La flora de Hokkaidō se caracteriza por bosques de coníferas (abeto y alerce) en las elevaciones altas y bosques de roble, arce, tilo, abedul, fresno, olmo y nogal en altitudes más bajas. La flora del suelo incluye plantas comunes a Eurasia y América del Norte. Las coníferas comunes son el ciprés, el pino, la cicuta, el tejo y el pino blanco. En las tierras bajas, hay robles y alcanfores, y una gran mezcla de bambú con árboles de madera dura. El pino típico y el pino rojo forman el crecimiento típico en las tierras bajas arenosas y las zonas costeras. Shikoku y Kyūshū se caracterizan por su vegetación siempre verde. La caña de azúcar y los cítricos se encuentran en las áreas de tierras bajas, con árboles de hoja ancha en las elevaciones más bajas y una mezcla de árboles de hoja perenne y de hoja caduca más arriba. Alrededor de estas islas hay crecimientos exuberantes de bambú.

Se han identificado unas 140 especies de animales. El único primate indígena es el macaco japonés, un pequeño mono que se encuentra en el norte. Habitan 32 animales carnívoros, incluyendo el oso pardo, el armiño, el visón, el perro mapache, el zorro, el lobo, la morsa y la foca. Hay 250 especies de aves reproductoras y 8 especies de reptiles. Las aguas de Japón abundan en cangrejos y camarones. Las grandes migraciones de peces son traídas por las corrientes de Japón y Kuril. Hay grandes cantidades y variedades de insectos. El escarabajo japonés no es muy destructivo en su lugar de origen debido a sus muchos depredadores naturales.