Debido al terreno irregular, el clima varía mucho de un lugar a otro. En las estribaciones exteriores contiguas a las planicies de la India, las precipitaciones varían de unos 150 a 300 cm por año. Los bosques son cálidos en la temporada de lluvias, mientras que las colinas más altas son frías, húmedas y brumosas. Las precipitaciones son moderadas en el cinturón central de los valles planos (tienen una elevación de 1100 a 3000 metros). Las tierras altas y los valles altos (por encima de 3700 metros) son relativamente secos. Hay menos precipitaciones en el este de Bután. En general, las zonas montañosas son frías la mayor parte del año. Las temperaturas promedio son de 4 grados en enero y de 17 grados en julio.