Los bosques de manglares de la región costera dan paso a la mora, la acacia y las palmeras datileras del sur de vegetación escasa. Los bosques del norte tienen rodales de robles, castaños, nogales, pinos, fresnos, abetos, tejos y abetos. Por encima de los 3000 metros se pueden encontrar abedules, sauces enanos y enebros.

La amplia gama de vida animal de Pakistán incluye el íbice siberiano, la oveja salvaje, el búfalo, el oso, el lobo, el chacal, el zorro, el gato montés, el gato almizclero, la hiena, el puercoespín, la gacela, el pavo real, la pitón y el jabalí. A principios del siglo XXI había al menos 188 especies de mamíferos, 237 especies de aves y más de 4950 especies de plantas en todo el país.