La flora está estrechamente relacionada con la del sur de China y Filipinas. Taiwán tiene casi 190 familias de plantas, aproximadamente 1180 géneros y más de 3800 especies. El bosque de manglares se encuentra en las mareas y en las bahías costeras. Desde el nivel del mar hasta una altura de 2000 metros es la zona de bosque tropical y subtropical siempreverde de hoja ancha, donde se encuentran comúnmente ficuas, pandanus, palmeras, tecas, bambúes y alcanforas. El bosque mixto de coníferas y árboles de hoja caduca ocupa la siguiente zona, que se extiende desde una altura de 2000 a 3000 metros. Pinos, cipreses, abetos y rododendros se cultivan en esta región. Por encima de este nivel se encuentra la zona de bosques de coníferas, compuesta principalmente de abetos, enebros y cicutas.

Los mamíferos descubiertos hasta el momento son más de 60 especies, 45 de los cuales parecen ser indígenas de la isla. El animal de presa más grande es el oso negro de Taiwán. Zorros, venados, jabalíes, murciélagos, ardillas, macacos y pangolines son algunos de los mamíferos que se ven en la isla. Hay más de 330 especies y subespecies de aves, de las cuales 33 son comunes en la isla, en China y en Filipinas. Más de 65 especies de reptiles y anfibios habitan la isla. Hay una gran cantidad de serpientes, de las cuales 13 especies son venenosas. La vida de los insectos es rica y variada.