La mayoría de la población es cristiana, y los católicos romanos representan aproximadamente el 85% de la población según datos de principios del siglo XXI. La Iglesia Católica mantiene numerosos hospitales y escuelas en la isla. La mayoría de los puertorriqueños restantes pertenecen a otras denominaciones cristianas, que se han permitido en la isla desde la década de 1850. Las iglesias pentecostales han atraído un gran número de seguidores.

Un pequeño número de residentes (0,7%) son espiritistas, incorporando creencias nativas y africanas en sus prácticas de fe. La santería, una religión sincrética originaria de Cuba y Brasil que incorpora las creencias africanas y del Caribe nativo (incluido el vudú) con el catolicismo, es practicada por algunos residentes.