Honduras posee una rica y variada flora y fauna. Abundan los árboles tropicales, los helechos, el musgo y las orquídeas, especialmente en las áreas de bosque lluvioso. La vida de los mamíferos incluye el oso hormiguero, el armadillo, el coyote, el venado, el zorro, el pecarí, el gofer de bolsillo, el puercoespín, el puma, el tapir y los monos. Los peces y las tortugas son numerosos tanto en agua dulce como en variedades marinas. Entre los reptiles se encuentran la serpiente de coral, la serpiente de terciopelo, la víbora cornuda, la serpiente de cascabel, la serpiente látigo, el caimán, el cocodrilo y la iguana. Las aves incluyen el petirrojo negro, el colibrí, el guacamayo, el ruiseñor, el tordo, la perdiz, la codorniz, el quetzal, el tucanete y muchas otras más. A principios del siglo XXI había al menos 173 especies de mamíferos, 232 especies de aves y más de 5600 especies de plantas en todo el país.