La mayor parte de Panamá es una espesa selva tropical, con parches ocasionales de sabana o pradera. En la costa húmeda del Caribe, el bosque es siempre verde, mientras que en el lado más seco del Pacífico, el bosque es semideciduo. Las especies de plantas con flores suman más de 9900 e incluyen la flor nacional, la orquídea del Espíritu Santo (Peristeria elata).

Los mamíferos que habitan en Panamá son el oso hormiguero, el armadillo, el murciélago, el coatí, el venado, el oposum, el pecarí, el mapache, el tapir y muchas variedades de monos. Los reptiles, especialmente los caimanes, son numerosos a lo largo de las costas. La vida de las aves es rica y varía según la presencia de las especies migratorias. Los peces abundan, y la costa del Pacífico es una región privilegiada para la pesca deportiva. A principios del siglo XXI había al menos 218 especies de mamíferos y 302 especies de aves en todo el país.