La región de las tierras altas centrales tiene extensos bosques de robles y pinos en las laderas, pero las elevaciones más bajas del valle muestran daños por incendios y actividades agrícolas. La húmeda llanura costera del Caribe tiene una gran cantidad de bosques tropicales, con caucho silvestre, cedro, ébano, caoba y rosal que atraen cierta explotación.

La vida silvestre incluye al puma, venado, mono, armadillo, cocodrilo, loro, guacamayo, pecarí y varias especies de serpientes (algunas venenosas). El lago Cocibolca contiene los únicos tiburones de agua dulce en el mundo, debido a un movimiento geológico prehistórico que separó el lago del Océano Pacífico, cambiando gradualmente el agua del océano en agua dulce.

A principios del siglo XXI había al menos 200 especies de mamíferos, 215 especies de aves y más de 7500 especies de plantas en todo el país.