La vegetación, al igual que las precipitaciones, se concentra en la meseta de Paraná y disminuye hacia el oeste. Los árboles altos de hoja ancha, algunos de hoja perenne y otros de hoja caduca, cubren el este de Paraguay, con suelos arenosos rojos en el perímetro montañoso. Matorrales arbolados y palmeras también salpican las zonas de mesetas arenosas. Entre el bosque semideciduo y el río Paraguay, la vegetación es principalmente de tipo sabana mezclada con palmeras dispersas. En contraste, el Chaco soporta principalmente bosques de matorrales de hoja caduca pero cada vez más xerofíticos a medida que la lluvia disminuye hacia el oeste.

Los bosques orientales abundan en árboles, incluidos las variedades indígenas como el urunday, el cedron, el curupay y el lapacho. En el norte del Chaco, a lo largo del río Paraguay, hay rodales dispersos de quebracho y muchos árboles grandes y esparcidos, como la ceiba. Abundan las hierbas medicinales, los arbustos y los árboles. La yerba mate crece de manera silvestre en el noreste.

Los animales que se encuentran en Paraguay incluyen el jaguar (especialmente numerosos en el Chaco), el jabalí, el carpincho, el ciervo, el armadillo, el oso hormiguero, el zorro, el lobo marrón, el carpincho y el tapir. Paraguay abunda en cocodrilos a lo largo de sus cursos de agua, y la boa constrictor prospera en el oeste. La piraña carnívora es común.

A principios del siglo XXI había al menos 305 especies de mamíferos, 233 especies de aves y más de 7800 especies de plantas en todo el país.