Según estimaciones de principios del siglo XXI alrededor del 45% de los habitantes son amerindios, el 37% son mestizos (de ascendencia amerindia y española u otra europea), el 15% son blancos y el 3% son negros, asiáticos u otros. Los grupos pequeños de alemanes, italianos y suizos son importantes en el comercio, las finanzas y la industria. Los chinos y los japoneses operan pequeñas empresas, y algunos japoneses han tenido éxito en la agricultura.

De los 4 a 7 millones de amerindios de la sierra bajo dominio de los incas, quedaron menos de un millón cuando se realizó el primer censo colonial en 1777. Un suministro de alimentos deficiente y nuevas enfermedades, como la viruela, la escarlatina y el sarampión, fueron letales para la población indígena. A pesar de la continua enfermedad y la pobreza que se encuentra entre los amerindios en la actualidad, han aumentado a más de ocho millones. Los grupos principales son las tribus de habla quechua y aymará, pero también hay otras tribus pequeñas en las tierras altas. Los amerindios del bosque de tierras bajas de Perú nunca fueron subyugados por los incas o por los españoles y continúan siendo pescadores, cazadores y recolectores de alimentos.