La franja de sabana árida a lo largo de aproximadamente la mitad de la costa de Ecuador, con arbustos bajos ocasionales y ceibas aisladas, contrasta con la costa norte y la parte interior de la costa sur. En estas regiones húmedas, abunda el denso crecimiento típico de la selva tropical, que se extiende como bosques húmedos de musgo por las laderas andinas hasta más de 2400 metros en algunos lugares. Más allá de la barrera contra la humedad formada por la Cordillera Occidental, las laderas de las montañas altas de más de 3000 metros están cubiertas de hierba de páramo.

Los valles de las tierras altas, a una altitud entre 2400 y 3000 metros, sostienen la mayoría de las plantas de la zona templada. Las papas y el maíz, por ejemplo, se han cultivado allí durante miles de años. Hay pocos árboles nativos en las tierras altas, el eucalipto se introdujo en la década de 1860 y se ha plantado ampliamente. La parte oriente del país tiene poco que sea exclusivo de la flora tropical, excepto la deliciosa naranjilla, una pequeña naranja verde que se usa para hacer una conservación.

Los bosques ecuatorianos albergan a los mamíferos, reptiles y aves más pequeños. En las tierras altas, se encuentran el cóndor y algunas otras especies de aves. Hay relativamente pocos animales salvajes debido a la densidad de la población y al uso intensivo de la tierra. Los amerindios todavía hacen uso de la llama en el sur de Ecuador. A lo largo de las tierras altas, los amerindios y algunos mestizos crían cavies (cobayas) en sus hogares como una fuente importante de carne.

A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 302 especies de mamíferos, 640 especies de aves y más de 19.300 especies de plantas en todo el país.