Los grupos étnicos tienden a estar estrechamente vinculados con distintas afiliaciones religiosas, sin embargo, la tasa de participación religiosa activa se considera baja. Los bosnios son generalmente musulmanes. Como tal, casi el 40% de la población es musulmana. Los serbios son generalmente ortodoxos serbios, una fe practicada por aproximadamente el 31% de la población. La mayoría de los ortodoxos serbios viven en la República Srpska. Los croatas son principalmente católicos romanos, una fe practicada por aproximadamente el 15% de la población. Los protestantes representan alrededor del 4% de la población. Los grupos misioneros incluyen a los adventistas del séptimo día, los testigos de Jehová, los metodistas y la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días. Hay una pequeña comunidad judía.

La constitución establece la libertad de religión y este derecho es generalmente respetado en la práctica. A principios del siglo XXI el estado aprobó una Ley de Libertad Religiosa que establece una mayor libertad de religión y regula las licencias legales de los grupos religiosos.