El clima de la región le ha dado a Croacia una gran variedad de flora y fauna. Helechos, flores, musgos y árboles comunes pueblan el paisaje. A lo largo del mar Adriático hay plantas subtropicales. Los animales nativos incluyen ciervos, osos pardos, conejos, zorros y jabalíes. A principios del siglo XXI había al menos 76 especies de mamíferos, 224 especies de aves y más de 4200 especies de plantas en todo el país.

La contaminación del aire (por las emisiones de las plantas metalúrgicas) y la deforestación son problemas ambientales en el interior. Los sistemas de agua costeros han sido dañados por residuos industriales y domésticos. Todos los habitantes de las ciudades de Croacia tienen acceso a agua potable. La gestión ambiental es cada vez más descentralizada, lo que permite a las administraciones municipales determinar la política ambiental. Las 195 áreas protegidas de Croacia cubren 421.000 hectáreas (el 7,5% de las áreas naturales del país). El Parque Nacional de los Lagos de Plitvice es un sitio natural declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. A principios del siglo XXI alrededor del 31% de la superficie total de la tierra estaba cubierta de bosques.

Las especies en peligro de extinción incluyen el esturión atlántico y la foca monje del Mediterráneo.