La diferencia clave entre la hélice alfa y la hélice beta es el tipo de enlace de hidrógeno que muestran. La hélice alfa muestra enlaces de hidrógeno intramoleculares mientras que la hélice beta muestra enlaces de hidrógeno intermoleculares.

La formación de la hélice alfa tiene lugar por la torsión de la secuencia de aminoácidos, en cambio en la formación de la hélice beta las dos hojas beta, paralelas o anti-paralelas, se unen para formar una estructura helicoidal.