La maltosa es un disacárido que tiene dos unidades de glucosa unidas entre sí a través de un enlace alfa 1-4.
La isomaltosa es un disacárido que tiene dos unidades de azúcar de glucosa unidas entre sí a través de un enlace alfa 1-6.
Además, en maltosa, el primer carbono de una unidad de glucosa se une con el cuarto carbono de la otra unidad de azúcar, mientras que el primer carbono de una de las unidades de glucosa se une con el sexto carbono de la otra unidad de azúcar en isomaltosa.
Por lo tanto, la estructura química es la principal diferencia entre la maltosa y la isomaltosa.
La isomaltosa es un isómero de la maltosa.