Gabriel Omar Batistuta nació en Avellaneda, Santa Fe, Argentina, el 1 de febrero de 1969, hijo de Omar Batistuta y Gloria Zilli. Su padre trabajaba en un matadero, mientras que su madre trabajaba como secretaria en una escuela. Gabriel era el mayor de cuatro hijos.

Después de la primera victoria de la Copa del Mundo de Argentina en 1978, Batistuta se inspiró en entrenar seriamente. Como muchos futbolistas sudamericanos, comenzó jugando al fútbol callejero y se unió al poco conocido club Grupo Argelia. Posteriormente jugó en el equipo junior del Platense.

En 1988, se unió al Club Atlético Newell’s Old Boys con sede en Rosario después de anotar 2 goles en un partido contra el club, pero su estadía en Newells no fue fructífera, ya que no pudo adaptarse a una nueva ciudad y también tuvo problemas de peso.