La diferencia clave entre los briófitos y los traqueofitos es que los briófitos son plantas no vasculares; por lo tanto, no contienen un sistema vascular, mientras que los traqueofitos son plantas vasculares, por lo tanto, contienen un sistema vascular bien desarrollado.

Las plantas son organismos eucariotas multicelulares. Son fotoautótrofos que sintetizan los alimentos mediante la fotosíntesis.

Los briófitos son plantas terrestres primitivas. Estructuralmente, son plantas no vasculares. De ahí que no contengan un sistema vascular. Además, son pequeñas plantas que viven en lugares húmedos y con sombra.

Además, los briófitos no tienen un cuerpo vegetal diferenciado. Por lo tanto, no contienen raíces verdaderas, tallos y hojas. Sus cuerpos vegetales son en su mayoría frondosos. Como carecen de sistema vascular, absorben el agua a través de las hojas.

Los traqueofitos son plantas vasculares terrestres que tienen un sistema vascular bien desarrollado (xilema y floema). Además, los traqueofitos tienen un cuerpo vegetal diferenciado. Por lo tanto, contienen raíces, tallo y hojas. Estructuralmente, los traqueofitos son plantas más grandes adaptadas a diferentes condiciones ambientales, a diferencia de los briófitos. Poseen estomas y una cutícula gruesa cerosa para regular y prevenir la pérdida de agua.

Otra diferencia entre los briófitos y los traqueofitos es que los briófitos tienen una generación gametofítica dominante, mientras que los traqueofitos tienen una generación de esporófitos dominante. Los musgos son briófitos, mientras que los helechos son traqueofitos.