La proteómica dirigida es la determinación de la presencia y cantidad de una proteína o péptido particular en una mezcla compleja de proteínas.
La proteómica no dirigida es el estudio cuantitativo y cualitativo de las proteínas presentes en una muestra o muestras sin apuntar a una proteína en particular.
La proteómica dirigida se realiza con proteínas preseleccionadas o dirigidas, mientras que la proteómica no dirigida se realiza para descubrir los tipos de proteínas en esta muestra. Además, la proteómica dirigida es más sensible que la proteómica no dirigida.