El Departamento de Comayagua (Honduras) está dividido en 21 municipios.

Los municipios del Departamento de Comayagua son San Sebastián, Comayagua, Villa de San Antonio, Siguatepeque, Lamaní, El Rosario, Lejamaní, San Jerónimo, Ajuterique, Esquías, Humuya, La Trinidad, Las Lajas, Ojo de Agua, La Libertad, San José de Comayagua, Meámbar, Minas de Oro, Taulabé, San José del Potrero y San Luis.