El Departamento de Choluteca (Honduras) está dividido en 16 municipios.
Los municipios del Departamento de Choluteca son Apacilagua, Santa Ana de Yusguare, Choluteca, San Marcos de Colón, Concepción de María, San José, Duyure, San Isidro, El Corpus, San Antonio de Flores, El Triunfo, Pespire, Marcovia, Orocuina, Morolica y Namasigüe.
