El Muga es un río pirenaico que desagua en el Mediterráneo catalán.
Nace bajo el llano de la Muga (1.186 metros de altitud), al sur del Montnegre (1.425 metros), en el límite entre el Vallespir y el Alt Empordà, y desde los hostales de la Muga (a ambos lados de río) constituye durante unos 5,5 km el límite fronterizo franco-español. Recibe principalmente las aguas de la zona axial de los Pirineos, atraviesa por profundos valles los sedimentos subpirenaicos, bastante tectonizados, y sale por Pont de Molins a la ancha llanura del Alt Empordà.
Cerca de Boadella, en una garganta epigénica, ha sido embalsado (pantano de Boadella). Cerca de Peralada recibe el Llobregat d’Empordà, más caudaloso que él mismo, y después de Vilanova de la Muga, el Manol. Desemboca en el golfo de Roses, después de 65 km de curso. Los aterramientos han destruido su antiguo estuario (estany de Castelló) y el grado medieval, llamado el grado de la Muga, al norte de la actual desembocadura de la Mugueta, antiguo brazo del río. Su caudal es estimado en unos 8 m3/s, básicamente de origen pluvial. En octubre de 1940 provocó una terrible inundación en la llanura ampurdanesa.
El río Muga recorre las poblaciones de Albanyà, Boadella d’Empordà, Costoja, Sant Llorenç de la Muga, Vilanova de la Muga, Pont de Molins, Les Escaules, Cabanes, Castelló d’Empúries y Empuriabrava.