Burundi en general tiene un clima de tierras altas tropicales. La temperatura varía considerablemente de una región a otra, principalmente como resultado de las diferencias de altitud.

La meseta central goza de un clima agradablemente fresco, con una temperatura promedio de 20 grados. El área alrededor del lago Tanganica es más cálida, con un promedio de 23 grados las zonas montañosas más altas son más frías, con un promedio de 16 grados.

La temperatura media anual de Bujumbura es de 23 grados. La lluvia es irregular, cayendo sobre todo en el noroeste. Las estaciones secas varían, y a veces hay largos períodos de sequía. Sin embargo, se pueden distinguir cuatro estaciones, la estación seca larga (junio-agosto), la estación húmeda corta (septiembre-noviembre), la estación seca corta (diciembre-enero) y la estación húmeda larga (febrero-mayo). La mayor parte de Burundi recibe entre 130 y 160 cm de lluvia al año. La llanura de Ruzizi y el noreste reciben entre 75 y 100 cm.