El área del Caribe norte y la llanura costera del sur tienen un clima tropical húmedo, pero el interior es más seco y fresco. La temperatura varía con la altitud. Las tierras bajas costeras promedian 31 grados, de 300 a 760 metros sobre el nivel del mar el promedio es de 29 grados, y por encima de 760 metros la temperatura promedio es de 23 grados. Hay dos estaciones, un período lluvioso de mayo a octubre, y una estación seca de noviembre a abril. El promedio anual de lluvia varía desde más de 240 cm a lo largo de la costa norte hasta unos 84 cm alrededor de Tegucigalpa en el sur. La costa noroeste es vulnerable a los huracanes.