A ambos lados del ecuador, Indonesia tiene un clima tropical caracterizado por fuertes lluvias, alta humedad, alta temperatura y vientos bajos. La temporada de lluvias es de noviembre a marzo, la estación seca de abril a octubre. Las precipitaciones en las zonas bajas alcanzan un promedio anual de 180 a 320 cm, aumentando con la elevación a un promedio de 610 cm en algunas zonas montañosas. En las tierras bajas de Sumatra y Kalimantan, el rango de lluvia es de 305 a 370 cm, la cantidad disminuye hacia el sur, más cerca del desierto del noroeste de Australia. La humedad media es del 82%.

A nivel del mar, la temperatura media anual es de aproximadamente de 25 a 27 grados. Existe una ligera variación diaria en la temperatura, con la mayor variación en los puntos interiores y en niveles más altos. La temperatura media anual en Yakarta es de 26 grados. La precipitación anual promedio es de unos 200 cm.