El sur y el oeste de Mali tienen un clima sudanés con una corta temporada de lluvias de junio a septiembre. Las precipitaciones promedian 140 cm en Sikasso en el extremo sur. Al norte se encuentra la zona del Sahel, una región semiárida a lo largo de la frontera sur del Sahara. En Gao, en el Sahel noreste de Mali, la precipitación es de aproximadamente 23 cm por año. En la zona del Sahel hay variaciones considerables de temperatura, especialmente en abril, mayo y junio, el período de calor máximo, y en diciembre, cuando sopla el harmattan seco y caliente. Continuando hacia el norte, uno se adentra gradualmente en un clima sahariano, marcado por la ausencia virtual de lluvia y una atmósfera extremadamente seca. Más del 40% del país es desierto, e inadecuado para la agricultura.

El año se divide en tres estaciones principales que varían en longitud según la latitud, de octubre a enero una estación fresca y seca, de febrero a mayo una estación cálida y seca, y de junio a septiembre una temporada de lluvias caracterizada por temperaturas más bajas y un aumento de la humedad.