San Juan tiene una temperatura promedio diaria de 27 grados, que varía de 25 grados en enero a 28 grados en julio. El mínimo diario es de 23 grados, el máximo de es de 30 grados. La temperatura más baja registrada en la isla es de 4 grados, en Aibonito, la más alta es de 39 grados, en San Lorenzo. La temperatura registrada en San Juan nunca ha sido inferior a 16 grados ni superior a 37 grados.

Las precipitaciones varían según la región. Ponce, en la costa sur, tiene un promedio de solo 81 cm al año, mientras que las tierras altas tienen un promedio de 274 cm. En la selva tropical el promedio anual es de 465 cm. La precipitación anual promedio de San Juan es de 137 cm, los meses más lluviosos son de mayo a noviembre.

La palabra «huracán» deriva de hurakan, un término que el español adoptó de los indios taínos de Puerto Rico.