Las islas son tropicales, pero la temperatura varía mucho con la altitud. Las temperaturas costeras promedian alrededor de 27 grados, pero las regiones de montaña promedian solo 20 grados. Las estaciones se distinguen más por un cambio en la precipitación que por un cambio en la temperatura. De octubre a mayo, las regiones del norte de Santo Tomé y Príncipe reciben entre 100 y 150 cm de lluvia. Las partes del sur reciben alrededor de 380 a 510 cm.