El clima varía de semiárido a polar. En las regiones semiáridas, las temperaturas extremas han alcanzado los 48 grados en verano. En el este de Pamir, las temperaturas invernales han bajado hasta -60 grados. La temperatura media nacional en julio es de 30 grados. La temperatura media en enero es de 0 grados. Las precipitaciones en la mayor parte del país tienen un promedio de 70 a 160 cm.