Las zonas botánicas de Chile se ajustan a las regiones topográficas y climáticas. La región costera y central más septentrional es en gran parte árida de vegetación, acercándose más a un desierto absoluto de cualquier lugar del mundo. En las laderas de los Andes, además del esparcido desierto de Tola, se encuentran pastos. El valle central se caracteriza por varias especies de cactus, el pino chileno y el copihue, una flor roja en forma de campana que es la flor nacional de Chile.

En el sur de Chile, al sur del río Bío-Bío, las fuertes precipitaciones han producido densos bosques de laureles, magnolias y varias especies de coníferas y hayas, que se vuelven más pequeñas y más atrofiadas hacia el sur. Las temperaturas frías y los vientos del extremo sur impiden una gran forestación. Los pastizales se encuentran en el Atlántico de Chile (en la Patagonia). La flora chilena es distinta de la de Argentina, lo que indica que la barrera andina existió durante su formación. Los verdaderos pinos han sido introducidos desde el hemisferio norte.

El aislamiento geográfico de Chile también ha restringido la inmigración de la vida de la fauna, por lo que solo se encuentran algunos de los muchos animales distintivos de América Latina. Entre los mamíferos más grandes están el puma, el guanaco, el lobo andino y la chilla. En la región forestal, se encuentran varios tipos de marsupiales y un pequeño ciervo, conocido como el pudú.

Hay muchas especies de aves pequeñas, pero la mayoría de los tipos comunes más grandes de América Latina están ausentes. Pocos peces de agua dulce son nativos, pero las truchas norteamericanas se han introducido con éxito en los lagos andinos. Debido a la proximidad de la Corriente de Humboldt, las aguas del océano abundan en peces y otras formas de vida marina, que a su vez sostienen una rica variedad de aves acuáticas, incluidos diferentes pingüinos. Las ballenas son abundantes y en la zona se encuentran unas seis especies de focas.