Filipinas tiene una flora rica y variada con conexiones botánicas cercanas a Indonesia y el sudeste asiático continental. Los bosques cubren casi la mitad de la superficie terrestre y son típicamente tropicales, con la familia dominante, Dipterocarpaceae, que representa el 75% de los rodales. El bosque también tiene viñas, epífitas y trepadoras. Los pastizales abiertos, que alcanzan hasta 2,4 metros de altura, ocupan una cuarta parte de la superficie terrestre. La flora incluye 8000 especies de plantas con flores, 1000 tipos de helechos y 800 especies de orquídeas.

Hay más de 150 especies de mamíferos, como el cerdo salvaje, el venado, el carabao salvaje, el mono, el gato civet y varios roedores. Hay alrededor de 196 especies de aves reproductoras, entre las que se encuentran los megapodos (aves silvestres), codornices, aves de la selva, faisanes, palomas y loros. La vida reptiliana está representada por 190 especies, hay cocodrilos y las serpientes más grandes incluyen la pitón y varias variedades de cobra.