Las flores de la zona templada se encuentran en gran número. De particular interés es la familia de las orquídeas, que incluye a la monja blanca, la flor nacional. También hay una gran cantidad de plantas medicinales, industriales y fibrosas. En general, hay más de 8600 especies de plantas en todo el país.

La fauna indígena incluye el armadillo, el oso, el coyote, el venado, el zorro, el jaguar, el mono, el puma, el tapir y el manatí. El ave nacional es el quetzal de las tierras altas. Existen más de 900 especies de aves nativas y migratorias. Y más de 204 especies de reptiles.