La flora del archipiélago refleja una mezcla de plantas asiáticas y australianas con plantas endémicas. La vegetación abarca desde el bosque tropical lluvioso de las tierras bajas del norte y los bosques estacionales de las tierras bajas del sur, a través de la vegetación de los bosques de colinas y bosques de montaña menos exuberantes, hasta la vegetación de arbustos subalpinos.

El puente entre Asia y Australia formado por el archipiélago se refleja en su variedad de vida animal. La fauna de Sumatra, Kalimantan y Java es similar a la de la Malasia peninsular, pero cada isla tiene sus peculiaridades. El orangután se encuentra en Sumatra y Kalimantan pero no en Java, el siamang solo en Sumatra, el mono narigudo solo en Kalimantan, el elefante y el tapir solo en Sumatra, y el buey salvaje en Java y Kalimantan, pero no en Sumatra. En las islas Maluku y Timor, los animales australianos comienzan a aparecer. Todas las islas, especialmente las Malukus, abundan en grandes variedades de aves, reptiles y anfibios. La abundante vida marina de las extensas aguas territoriales de Indonesia incluye una rica variedad de corales.

A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 515 especies de mamíferos, 929 especies de aves y más de 29.300 especies de plantas en todo el país.