Los animales y las plantas son de tipo centroeuropeo. Casi el 70% del bosque es mixto o caducifolio. Algunas áreas de pastizales esteparias originales todavía se encuentran en Moravia, pero la mayoría de estas tierras bajas se cultivan. Los mamíferos que se encuentran comúnmente en la República Checa incluyen el zorro, la liebre, el ciervo, el conejo y el cerdo salvaje. Una variedad de aves habitan las tierras bajas y valles. Peces como la carpa, el lucio y la trucha aparecen en numerosos ríos y estanques. A principios del siglo XXI había al menos 81 especies de mamíferos, 205 especies de aves y más de 1900 especies de plantas en todo el país.