El terreno de Macedonia es bastante montañoso. Entre las colinas hay profundas cuencas y valles, pobladas por bisontes, zorros, conejos, osos pardos y ciervos. Los pinos son comunes en las regiones montañosas más altas, mientras que la haya y el roble cubren algunas regiones montañosas más bajas. El pino macedonio es una antigua especie nativa que se encuentra principalmente en el Monte Pelister, cerca de la frontera suroeste. Patos, tortugas, ranas, mapaches y ratas almizcleras habitan en las vías fluviales del país. A principios del siglo XXI había al menos 78 especies de mamíferos, 109 especies de aves y más de 3500 especies de plantas en todo el país.