La flora y la fauna de Madagascar se han desarrollado en forma aislada de las de África, y la flora es altamente especializada. Los científicos sostienen que Madagascar estaba originalmente cubierta de bosques de hoja perenne en las zonas más húmedas del este y el norte, lo que dio lugar a la sabana en la meseta y la vegetación semiárida en el sur. Gran parte de la vegetación original fue destruida por la quema, de modo que el bosque siempre verde se encuentra ahora solo en una franja estrecha a lo largo del borde oriental escarpado de la meseta, de norte a sur. Donde se destruyó el bosque, fue reemplazado por un arbusto conocido como savoka, especialmente en la estrecha llanura de la costa este. Hay algunos parches pequeños de bosque caducifolio en el noroeste y oeste y los manglares son generales a lo largo de las costas noroeste y oeste. La mayor parte de Madagascar está cubierta por una estepa, verde en la estación húmeda pero marrón y roja en el verano. La mayor parte de la meseta tiene una cobertura de laterita y la fertilidad es baja. El extremo sur está libre de lateritas, pero la falta de precipitaciones impide que la mayor fertilidad tenga un uso muy práctico.

La fauna es notable principalmente debido a la presencia de 28 especies de lemur. La isla cuenta con 32 especies de camaleón. Entre las 172 especies de aves, 105 no se encuentran en otra parte del mundo. Lo mismo para aproximadamente el 80% de las plantas con flores de la isla y más del 95% de sus reptiles. Madagascar también es inusual por su falta de serpientes venenosas. A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 141 especies de mamíferos y más de 9000 especies de plantas.