Alrededor del 59% de Malasia se compone de selva tropical. En la Malasia peninsular, abunda el alcanfor, el ébano, el sándalo, la teca y muchas variedades de palmeras. La fauna de la selva tropical incluye el gaur (bisonte malayo), ciervos, cerdos salvajes, musarañas, osos de la miel, gatos monteses, civetas, monos, cocodrilos, lagartos y serpientes. El gaur pesa alrededor de una tonelada y es el buey salvaje más grande del mundo. Es un país con una inmensa variedad de insectos, especialmente mariposas, y más de 250 especies de aves.

A medida que aumenta la altitud, las plantas herbáceas (ranúnculos, violetas y valeriana) se vuelven más numerosas.

A principios del siglo XXI se contabilizaron al menos 300 especies de mamíferos y más de 15.500 especies de plantas en todo el país.