Las islas están casi sin árboles. La vegetación es escasa y atrofiada. La algarroba y el higo son endémicos y la uva y el olivo se han cultivado durante siglos.

La comadreja, el erizo y el murciélago son nativos de Malta. Se han introducido conejos y ratones blancos. También se encuentran muchos tipos de tortugas, mariposas y algunas variedades de lagartos. Variedades comunes de peces mediterráneos, así como el sello y la marsopa, habitan las aguas circundantes.